ヨーグルトの乳酸菌が作りだす乳酸や酢酸などの有機酸は、悪玉菌の増殖を抑えて腸内腐敗を防いだり、腸管を刺激して腸のぜん動運動を活発にしたりします。
さらにヨーグルトに含まれる乳糖が善玉菌の栄養源となってその増殖を助けます。
これら作用により腸内菌のバランスが改善されることが明らかになり、特定保健用食品に認定されたヨーグルトが多く販売されています。

※特定保健用食品
その食品の中の成分が、科学的試験結果に基づいて、健康に有用な機能性があると厚生労働省が認め、食品に「健康表示」（健康への効用を示す表現）を付けることを許可した食品のこと。

ヨーグルトには、上記の乳酸はっ酵の際につくられる物質による効果のほかに

1．原料の牛乳から受け継いだ栄養効果
2．乳酸菌がたんぱく質を分解しその消化吸収を高める
3．カルシウムを消化吸収しやすくする

などの効果が知られています。